Sin lugar a dudas, el establecimiento de la Inquisición el 1 de Noviembre de 1478, trae como consecuencia la supresión del judaísmo, que para algunos autores, sorprende la tardanza en llevarse a cabo, precisamente por la situación social del momento.

Pero vayamos por partes, hay que tener en cuenta que los Reyes Católicos estaban en contra del judaísmo, pero no de las personas. Aunque probablemente se sintieran defraudados por el escaso número de judíos que acudieron al bautismo que se expone en el famoso decreto de expulsión de 1492. Pero en un principio no fueron hostiles hacia los judíos, de hecho, hay varios documentos que lo demuestran, pero quizá el más significativo sea la carta de 6 de Septiembre de 1477 en la cual, declaran a todas las aljamas bajo su salvaguardia.

A partir del año 1480 es cuando esta actitud empieza a cambiar. Las razones no están claras, porque son muchas. Lo primero es que se dan cuenta de que el intento de conversión pacífica no ha funcionado. Además, la Inquisición, probablemente exageró la noción del peligro a la que estaba sometida la Fe católica, ya que afirmaba rotundamente que el problema radicaba en el contacto entre judíos y cristianos.

Para solventar el problema se ponen en marcha algunas medidas como, por ejemplo, la segregación de las aljamas respecto a los núcleos de población en que se hallaban instalados, para así hacer más difícil su contacto con las gentes cristianas.

A pesar de todo esto los Reyes Católicos trataban de frenar los odios populares hacia los judíos.

El problema que surgió principalmente de la segregación de las aljamas, fue el abuso de normas y prohibiciones, por parte de las autoridades municipales, donde siempre una norma era suplantada por otra que superaba en dureza a la anterior.

En el verano de 1481, el prior de Zaragoza, Miguel Ferrer, desobedeció a la reina Isabel (que ya contaba con los amplios poderes que Fernando le había entregado en Calatayud) que anteriormente había prohibido a las autoridades de Zaragoza, que ellos mismos realizaran la segregación. Aprovechando la ausencia de la reina, ordenó a los judíos recluirse en una antigua aljama muy estrecha, prohibiéndoles, además, tener ventanas hacia las calles cristianas.

Cuando Fernando se entera, monta en cólera y ordena desde Barcelona, la inmediata anulación pública del pregón. Los miembros del consejo ordenan la anulación de las órdenes del prior, pero no condenan la actitud de éste.

Este ejemplo y otros como las amargas quejas que provenían de Segovia, cuando los reyes Católicos prohíben en 1482 incluir a los judíos en un repartimiento de dinero con destino a la guerra de Granada, porque consideraban que las aljamas ya contribuían pagando pesados impuestos. Demuestra de alguna forma, que el sentimiento de animadversión hacia los judíos, en aquellos tiempos, partía de la propia sociedad cristiana.

Mientras tanto la Inquisición sigue insistiendo, en que el gran problema de la existencia de tanto hereje, era la convivencia entre judíos y cristianos.

Los judíos son vistos como huéspedes y no naturales del país. Pero que se les permite la estancia en éste, por un acto gratuito de benevolencia, argumentándolo a menudo, con la esperanza de que, viendo a los cristianos, se conviertan.

Los reyes Católicos siendo muy conscientes del mal económico que provocaría la prohibición del judaísmo, ya que pagaban grandes sumas en impuestos, siguen adelante son su decisión. La unidad de Fe les parecía un bien demasiado grande para sacrificarlo a intereses materiales.

Lo que sucede es que, quizá, en contra de lo que se esperaba, el pueblo de Israel da un ejemplo altísimo de solidaridad y de conciencia religiosa. Y elige, casi en masa, las amarguras del exilio.

Quiere decir que, en la práctica, el decreto de 1492, que tendía a la supresión del judaísmo, se traduce en la expulsión de los judíos.

Efectivamente, los judíos arrastraban desde mucho tiempo atrás, el menosprecio de los cristianos. Pero se produjo el lamentable y desgraciado incidente del martirio del Santo Niño de la Guardia (que muchos autores aseguran que fue un hecho inventado, puesto que no hay apenas pruebas que lo justifiquen). Se acusó a dos judíos y seis conversos, todos vecinos de la localidad de la Guardia, de asesinar a un niño en un ritual para que les librase de la Inquisición.

Fuese real o no este trágico suceso, produjo un fortísimo escándalo en la sociedad cristiana y muy probablemente, influyese en gran medida, sobre la decisión final.